Das Wappen der Stiftung ist auf dem Grabstein von Nicolaus I Gercken aus dem Jahr 1579 abgebildet. Er war der Großvater des Stifters, Nicolaus III Gercken (1555-1610) , der die Stiftung zum Nutzen aller leiblichen Nachfahren des Großvaters anlegte. Es wird vermutet, dass sein Großvater das Familienwappen als Siegel entweder in seiner Tätigkeit als Kaufmann oder als Erster Bürgermeister der Neustadt Salzwedel schuf. Es ist aber auch möglich, dass bereits seine Vorfahren als freie Bauern dieses Wappen trugen. Das Wappen ist nur in seiner Form und nicht in seiner Farbgestaltung nachweisbar. Die Farbversion ist im Rathaus von Salzwedel in einem Glasfenster abgebildet.

Das Wappen wurde spätestens seit 1777 von Valentin Friedrich Gercken als Siegel benutzt. Davon zeugt ein Eintrag im Siebmacher, dem Standardwerk der Wappenkunde in Deutschland. Band V. 8., Tafel 63 zeigt das abgebildete Siegel, das in den Akten des Geheimen Preussischen Staatsarchivs hinterlegt ist. Das Wappen enthält oben drei Rosen und unten aus einem Hügel wachsend drei Kleeblätter. Am Helm befindet sich ein Zweig mit fünf Kleeblättern zwischen zwei Büffelhörnern.

Dr. Friedrich Wilhelm Meyer war über Jahrzehnte hinweg Testamentarius der Stiftung.  Am 21. Juli 1934 wurde er zum letzten Patron der Stiftung gewählt, bis diese im Jahr 1992 wiedererrichtet wurde. Sein Wappenentwurf fand in den Stempel, in die Briefbögen und in die erste Version des Webauftritts der Stiftung Einzug.

Das Wappen kann jeder Nachkomme von Nicolaus I. Gercken tragen, wenn er seinen Nachnamen trägt. Abweichungen der Schreibweise sind zulässig. Frauen konnten das Wappen nur bis zu ihrer Heirat führen. Vom Stifter Gercken ist keine überlieferte Regelung bekannt. Der Stifter kann in einer Wappensatzung den Kreis derjenigen bestimmen, die zur Führung des Wappens berechtigt sein sollen. Trifft er keine besondere Bestimmung, so sind nach herkömmlichem, heute nicht mehr zeitgemäßem Brauch die Nachkommen im Mannesstamm führungsberechtigt. Frauen führten früher nach ihrer Wahl das Wappen des Vaters oder des Ehemanns. Einem Wappenstifter steht es frei, die Fortführung des Wappens auch in der weiblichen Linie vorzusehen.