Das Wappen der Stiftung ist auf dem Grabstein von Nicolaus I Gercken aus dem Jahr 1579 zumindest ausschnittsweise abgebildet. Er war der Großvater des Stifters, Nicolaus III Gercken (1555-1610), der die Stiftung zum Nutzen aller leiblichen Nachfahren seines Großvaters anlegte. Der Großvater wird auch der Stammvater der Stiftung genannt. Es wird vermutet, dass der Stammvater das Familienwappen als Siegel entweder in seiner Tätigkeit als Kaufmann oder als Erster Bürgermeister der Neustadt Salzwedel schuf. Es ist aber auch möglich, dass bereits seine Vorfahren als freie Bauern dieses Wappen trugen. Das Wappen ist nur teilweise in seiner Form nachweisbar. Auf dem Epitaph des Stammvaters sind die 5 Kleeblätter sowie das Sterbejahr des Stammvaters, 1579, eindeutig erkennbar.  Das Wappen ist in seiner Farbgestaltung nicht nachweisbar. Die Farbversion ist im Rathaus von Salzwedel in einem Glasfenster abgebildet.

Das Wappen wurde spätestens seit 1777 von Valentin Friedrich Gercken als Siegel benutzt. Davon zeugt ein Eintrag im Siebmacher, dem Standardwerk der Wappenkunde in Deutschland. Band V. 8., Tafel 63 zeigt das abgebildete Siegel, das in den Akten des Geheimen Preussischen Staatsarchivs hinterlegt ist. Das Wappen enthält oben drei Rosen und unten aus einem Hügel wachsend drei Kleeblätter. Am Helm befindet sich ein Zweig mit fünf Kleeblättern zwischen zwei Büffelhörnern.

Dr. Friedrich Wilhelm Meyer war zwar kein Nachkomme des Stammvaters und somit kein Familiant, aber von 1934 bis 1954 Bevollmächtigter der Stiftung.  Aufgrund seines Bezugs zum Wappen auf dem Epitaph des Stammvaters fand Meyers Wappenentwurf vom 17.10.1934 in den Stempel, den Briefkopf und in den Webauftritt der Stiftung Einzug.

Das Wappen kann jeder Nachkomme von Nicolaus I. Gercken tragen, wenn er seinen Nachnamen trägt. Abweichungen der Schreibweise sind zulässig. Frauen konnten das Wappen nur bis zu ihrer Heirat führen. Vom Stifter Gercken ist keine überlieferte Regelung bekannt. Der Stifter kann in einer Wappensatzung den Kreis derjenigen bestimmen, die zur Führung des Wappens berechtigt sein sollen. Trifft er keine besondere Bestimmung, so sind nach herkömmlichem, heute nicht mehr zeitgemäßem Brauch die Nachkommen im Mannesstamm führungsberechtigt. Frauen führten früher nach ihrer Wahl das Wappen des Vaters oder des Ehemanns. Einem Wappenstifter steht es frei, die Fortführung des Wappens auch in der weiblichen Linie vorzusehen.